Люди, не публикующие руководства к своим продуктам, поступают дурно!

Объект класса mtm:
freq - список частот;
mtm$Ftest - уровни значимости для вклада каждой из частот значение F-статистики.
Объект класса mtm.coh:
msc - cписок значений функции распределения Фишера (CDF for Independent Data).

Найдено методом тыка; доковыряться до разработчиков.